در کارنامه اجرایی دکتر امیرعلی فریدونفر، فعالیت به عنوان رییس مرکز بهداشت شرق تهران، مشاور معاون پشتیبانی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، مشاور اجرایی و مدیر حوزه ریاست و فعالیت به عنوان رییس روابط عمومی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی به چشم می‌خورد.
از دیگر سوابق اجرایی وی می‌توان به فعالیت به عنوان مدیر دانشجویی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، مدیر بیمارستان مفید تهران و فعالیت به عنوان رییس مرکز بهداشت ورامین اشاره کرد.